Fontaines Versteck (engl: Fontaine's Lair) ist das letzte Level in BioShock. Jack hat Frank Fontaine bis an die Spitze von Point Prometheus verfolgt und bereitet sich nun auf den Kampf mit ihm vor.
Das ist der Punkt im Spiel, an dem sich Jack und Fontaine direkt gegenüberstehen. Das Spiel speichert automatisch, bevor der Spieler den Aufzug verlässt. Nachdem Jack Fontaine besiegt hat endet das Spiel, je nachdem ob Jack die little Sisters gerettet oder ausgebeutet hat.
Auf der linken Seite des Eingangs befindet sich eine Medi-Station. Dort ist auch ein Sicherheitsschalter platziert, neben Fontaines Thron. Um Fontaine zu töten muss Jack ihm Schaden zufügen, so dass er wieder ADAM auffüllen muss. Währenddessen ist Fontaine verwundbar und Jack kann ihn mit der Extraktionsnadel angreifen und ihm das ADAM aussaugen. Dies muss Jack insgesamt vier Mal machen. Die erste Exration kann Jack sofort beim betreten des Raumes durchführen.
Falls Jack während des Kampfes die Verbandskästen oder die EVE-Spritzen ausgehen sollten, kommt eine litle Sister aus einem Lüftungsschacht und versorgt ihn mit diversen Dingen, die sie in dem Areal findet. Art und Anzahl der Gegenstände sind wie folgt:
- 3x EVE-Spritzen
- 18 x Anti Personen Munition für die Pistole
- 60x Anti Personen Munition für das Maschinengewehr
- 12x explosiver Schrot
- 6x hitzesuchende Raketen
- 150x Napalm
- 15x Bolzen mit Stahlspitzen
Sobald Jack es geschafft hat, Fontaine insgesamt vier mal auszusaugen, beginnt eine Zwischensequenz: Fontaine schleudert Jack zu Boden. Er beugt sich über ihn und brüllt ihm die letzten Details seines Vorhabens, Ryan durch seine Hand zu töten entgegen. Im Hintergrund klettern mehrere der geretteten Kinder aus einem Lüftungsschacht und greifen Fontaine mit ihren Extraktionsnadeln an. Die beiden ersten kann Fontaine noch abwehren, aber anschließend übernehmen die Kinder die Überhand, töten Fontaine und retten Jack!
Nachdem Fontaine tot ist kehrt Jack zurück an die Oberfläche. Hier gibt es drei verschiedene Versionen die sich nach dem Umgang des Protagonisten gegenüber den little Sisters ableiten:
Wenn der Spieler mehr als eine little Sister ausgebeutet hat: Es wird angenommen, das die little Sisters, die Jack im Kampf gegen Fontaine geholfen haben, von ihm umgebracht wurden. Anschließend beginnt eine Filmsequenz. Ein U-Boot erreicht die Trümmer der abgestürzten Maschine. Um das Boot herum tauchen mehrere Tauchkugeln auf, die voll mit Splicern sind. Sie bringen das U-Boot, welches mit Nuklearwaffen bestückt ist unter ihre Kontrolle. Erzählt wird der Abspann von Brigid Tenenbaum, welche Jack für seine Handlungen in Rapture verurteilt!
Wenn der Spieler alle little Sister ausgebeutet hat: Es erscheint die gleiche Filmsequenz wie oben beschrieben, allerdings fällt Tennebaums Urteil über Jacks Handlungen noch drastischer aus.
Wenn der Spieler alle (oder alle bis auf eine) little Sister gerettet hat: Es erscheint ein alternativer Abspann in dem eine Tauchkugel direkt neben dem Leuchtturm auftaucht. Wenn sich die Tür der Tauchkugel öffnet, erscheinen fünf der geretteten Kinder. Jack hilft ihnen aus der Tauchkugel heraus. Die Filmsequenz zeigt, wie die Kinder ein glückliches Leben führen. Sie heiraten gründen Familien. Zum Schluss wird gezeigt, wie Jack im hohen Alter auf dem Sterbebett liegt und seine Mädchen noch mal zu ihm kommen und seine Hand halten. Bei diesem Ende werden die Handlungen von Jack in Rapture von Tenenbaum gelobt.