A través del transcurso del juego, Jack pasará por varias zonas distintas en Rapture, cada una con su propio tema y apariencia. Ésta es una lista de las catorce localizaciones de BioShock:
Pabellón Médico - El distrito médico de Rapture, dirigido por J.S. Steinman, el loco doctor obsesionado con la cirugía estética.
Neptune's Bounty - El distrito de la pesca y puerto de Rapture, y también un escondrijo para la operación contrabandista de Frank Fontaine.
Guarida de Contrabandistas - La base de las actividades de Fontaine en Neptune's Bounty, donde "la familia de Atlas se encuentra atrapada".
Arcadia - Parque y área de recreación en Rapture, que suministra el oxígeno a la ciudad, y todo ello dirigido por la botánica Julie Langford.
Feria agrícola - Un mercado para la clase alta de Rapture, donde se ofrecían los productos artesanales de los principales comercios de la ciudad.
Fort Frolic - El centro de ocio de Rapture por excelencia, dirigido por Sander Cohen, el artista.
Hephaestus - Lugar en el que se encontraban los talleres, y la planta de energía geotérmica de Rapture, asi como el núcleo y también la entrada a la oficina de Ryan.
Control central de Rapture - Oficina de Andrew Ryan, y una sala que revelará algo muy importante para la historia de Jack.
Olympus Heights - Los apartamientos de lujo de Rapture, donde sólo los privilegiados pueden permitirse vivir.
Plaza Apollo - El distrito residencial de Rapture, que se convirtió en un campo de concentración por orden de Andrew Ryan, y que será el centro de operaciones del ejército de Atlas.
Terreno de Pruebas - El antiguo museo oceanográfico de Rapture, que fue transformado en un lugar donde los Big Daddies se entrenaban, por primera vez, para proteger a sus Little Sisters más adelante.
Antiguo edificio del consejo (nivel) - El edificio más alto de Rapture, donde en su día estaba el consejo de la ciudad. Allí Jack encontrará a un enemigo muy especial.
Lugares excluidos
Rapture Zoo - Zona que se iba a añadir a Fort Frolic, se quedó en un diseño conceptual y nunca más se supo de su existencia.
Complejo de lujo Adonis - Primer centro de recreo de Rapture, al que se le añadirá un centro de terapia de plásmidos/tónicos genéticos para la clase alta de los habitantes de Rapture. La arquitectura se basa en el estilo clásico griego.
Expreso Atlántico - La fábrica principal de mantenimiento y desarrollo de los trenes del mismo nombre, fundado por Prentice Mill antes de la aparición de las batisferas.
Atracciones Ryan - Un parque de atracciones, donde los niños de Rapture aprenden sobre la creación de la ciudad. Es el lugar de la principal atracción de la ciudad, ¡Viaje a la superficie!
Pauper's Drop - Hogar de la clase trabajadora pensada solo durante la construcción de las lineas del Expreso Atlántico, pero terminó siendo el barrio para los indigentes de Rapture. El lugar está liderado por Grace Holloway.
Avenida de la Sirena - Antiguo distrito comercial de Rapture pero fue transformado en lugar de bares de alterne y posteriormente en iglesia.
Parque Dionysus - Antiguo reino de Sofia Lamb donde realizaba sus labores terapéuticas. Fue inundado a propósito por orden de Ryan.